Сюжет книги извилист, но, в отличие от современных художественных произведений о вампирах, в «Упыре» Толстого нет логических и сюжетных нестыковок. Делая несколько неожиданных поворотов, повествование приходит к финалу настолько логично, что концовка книги выглядит совершенно естественной. Толстой в своём «Упыре» хотя и отдает дань некоторыми господствовавшим в то время суевериям относительно упырей, тем не менее, в целом объективно, с этнографической точностью, описывает этих опасных созданий. В частности, едва ли не впервые в упыристике было высказано не просто предположение, а убеждение в том, что европейский вампир — выходец из восточнославянских земель, что вампир и упырь это по сути одно и тоже.